音質が悪いというのが、本質的なのか他に原因があるのかわかりませんが、例えばWindows版と音質が違うならなにか他に原因がありそうですね。
Windows版もLinux版もバイナリレベルで同じ結果を出しますので・・・
もし、同じなら、本質的ということで、ごめんなさいです。